Medziodborové štúdium bioinformatiky: Koncepcia štúdia a realizácia pilotných predmetov

Basic informations

TOP PROJECT

Thematic area: komisia č. 3 pre obsahovú integráciu a diverzifikáciu vysokoškolského štúdia

Project name (Slovak): Medziodborové štúdium bioinformatiky: Koncepcia štúdia a realizácia pilotných predmetov

Project name (English): Bioinformatics as an Interdisciplinary Study Program: Proposal and Pilot Courses

Start of project: 2010

End of project: 2011

Condition of project: Ukončený

Project number: 058-016UK-4/2010

Project leader: Mgr. Tomáš Vinař, PhD.

University: Univerzita Komenského v Bratislave

Department: Fakulta matematiky, fyziky a informatiky

Anotácia originálnych výsledkov riešenia projektu v slovenskom jazyku

Bioinformatika je vedná oblasť na pomedzí biológie, informatiky a matematiky. Dlhodobým riešením nedostatku odborníkov na túto oblasť na Slovensku je vybudovanie študijného programu bioinformatiky na úrovni II.  stupňa vysokoškolského štúdia. V rámci tohto projektu sme vypracovali koncepciu realizácie takéhoto študijného programu. Navrhli sme dve alternatívy: v krátkodobom horizonte je štúdium bioinformatiky možné začleniť do už existujúcich študijných programov informatiky, v dlhodobom horizonte je možné usilovať o zavedenie samostatného študijného odboru a programu, ktorý bude symetrickým spôsobom nadväzovať na štúdium I. stupňa v biologických aj informatických odboroch. V rámci projektu sme pripravili tri pilotné predmety: "Metódy v bioinformatike", "Základy programovania pre biológov" a "Genomika". Ku predmetu "Metódy v bioinformatike" sme navyše pripravili skriptá, ktoré sú prvým uceleným materiálom na túto tému v slovenskom jazyku. Predmety boli úspešne uvedené do praxe a stali sa súčasťou niekoľkých študijných programov na FMFI UK a PriF UK. Za účelom doškolenia študentov a odborníkov, ktorí sa už niektorými aspektami bioinformatiky zaoberajú, sme pripravili dve letné školy s účasťou zahraničných lektorov, na ktorých sa spolu zúčastnilo vyše 100 účastníkov. Pre študentov informatiky sme tiež pripravili týždenný laboratórny kurz, kde sa oboznámili so základmi práce v molekulárno-genetickom laboratóriu prostredníctvom prípravy vzoriek na sekvenovanie.

Bližšie informácie o aktivitách projektu a prístup k vypracovaným materiálom možno získať prostredníctvom web stránky projektu http://compbio.fmph.uniba.sk/projects/kega2009

Description of original results of the project in English

Bioinformatics is a discipline at the boundary of biology, computer science, and mathematics. As a long-term solution to the problem of insufficient number of qualified personnel in this area in Slovakia, we propose to establish a master degree study program in bioinformatics. Within the scope of this project, we prepared a proposal of such bioinformatics program with two alternatives. The short-term alternative is an inclusion of a bioinformatics track into the existing study programs of computer science; in the long term we propose to institute a new master program. The proposed new program assumes enrollment of students with a bachelor degree in either computer science or biology and treats both degrees symmetrically. As a part of this project, we have also prepared three new courses: "Methods in bioinformatics", "Introduction to programming for biologists", and "Genomics". We have prepared comprehensive lecture notes for "Methods in bioinformatics", which is the first material of this kind in Slovak language. The courses were succesfuly taught, and they became a permanent addition to several study programs at the Faculty of Mathematics, Physics, and Informatics and at the Faculty of Natural Sciences. To benefit students and scientists, who already deal with certain aspects of bioinformatics, we have organized two summer schools with international lecturers with a total number of more than 100 participants. We have also prepared a one week laboratory block course for students of computer science, where they familiarize themselves with wet lab work through the process of sample preparation for DNA sequencing.

Financial grant of MŠVVandŠ SR within KEGA

	Financial grant of MŠVVandŠ SR within KEGA	Capital expenditures in €
Drawn in year 2010	10 482,05	3 090,83
Drawn in year 2011	11 026,95	0,00
Pumped for the entire period of the project	21 509,00	3 090,83

List of project outcomes for the entire solution

Publishing activity

Category code	Specific output, name (ISBN, number of pages a i.)
BCI	Brejová, Vinař: Metódy v bioinformatike, ISBN 978-80-89186-94-5, 96 strán
BDF	Brejová, Vinař: Koľko génov má človek?, Týždeň 9/2010, ISSN: 1336-653X
BDF	Brejová, Vinař: Ako sa líšime od šimpanzov?, Týždeň 10/2010, ISSN: 1336-653X
BDF	Kováč: DNA vyhynutých druhov, Týždeň 12/2010, ISSN: 1336-653X
BDF	Brejová, Višňovská: Medicína budúcnosti, Týždeň 13/2010, ISSN: 1336-653X
CAH	Spektrum vedy: Gény, genómy, vysielané STV2, 25.10.2011
GAI	Brejová, Vinař: Koncepcia medziodborového štúdia bioinformatiky
GII	Lecture Notes Summer School in Bioinformatics 2011, 166 strán

Other outcomes (eg e-learning, websites, virtual laboratory, training, courses, workshops and the like.)

Output name	Description of output	Link
Kurz	Základy programovania pre biológov (LS 2010)	http://compbio.fmph.uniba.sk/vyuka/ppb
Kurz	Metódy v bioinformatike (ZS 2010)	http://compbio.fmph.uniba.sk/vyuka/mbi
Kurz	Základy programovania pre biológov (ZS 2010)	http://compbio.fmph.uniba.sk/vyuka/ppb
Kurz	Genomika (LS 2011)	http://compbio.fmph.uniba.sk/projects/kega2009/genomika
Kurz	Základy programovania pre biológov (LS 2011)	http://compbio.fmph.uniba.sk/vyuka/ppb
Kurz	Metódy v bioinformatike (ZS 2011)	http://compbio.fmph.uniba.sk/vyuka/mbi
Workshop	Letná škola bioinformatiky 2010, Tatranská Lomnica, 5.-11.9.2010	http://compbio.fmph.uniba.sk/events/lsb2010
Workshop	Zimné laboratórne praktikum 2011, Bratislava, 31.1.-4.2.2011	http://compbio.fmph.uniba.sk/events/wwl2011
Workshop	Letná škola bioinformatiky 2011, Bratislava, 11.-15.7.2011	http://compbio.fmph.uniba.sk/events/lsb2011
Laboratórium	Laboratórium otvorených technológií a bioinformatiky	http://vyuka.compbio.fmph.uniba.sk/lab.php
Server	Výukový server na podporu vyučovania bioinformatiky	http://vyuka.compbio.fmph.uniba.sk/
Leták	Leták "Študujme bioinformatiku" na propagáciu štúdia bioinformatiky	http://vyuka.compbio.fmph.uniba.sk/letak.pdf
Web stránka	Web stránka sumarizujúca výsledky projektu	http://compbio.fmph.uniba.sk/projects/kega2009

Final evaluation of the commission KEGA

Splnil ciele excelentne (s dosiahnutím celospoločenských prínosov).