Z eurofondov smerovalo najviac na univerzity a vysoké školy

Rekonštrukcie budov, rozvoj technickej infraštruktúry či vznik nových študijných programov. Najmä takto zamerané výzvy prevažovali pri dopytovo orientovaných projektoch implementovaných prostredníctvom Agentúry Ministerstva školstva, vedy, výskumu a športu SR pre štrukturálne fondy EÚ.
V operačnom programe Výskum a vývoj (OPVaV) sa od začiatku programového obdobia 2007 – 2013 z takmer miliardy eur prerozdelilo najviac peňazí práve na vysoké školstvo, a to na obnovu a budovanie technickej infraštruktúry výskumu a vývoja. Ide o 71 uzavretých zmlúv o poskytnutí nenávratného finančného príspevku v celkovej výške takmer 280 mil. eur. Eurofondy pomohli univerzitám a vysokým školám  s financovaním rôznych stavebných úprav, modernizáciou učební, zriadením informačno-komunikačnej techniky či novými akademickými knižnicami.
Mnohé školy uspeli aj vo vybudovaní nových centier excelentnosti alebo v projektoch zameraných na aplikovanie vedeckých výsledkov do praxe.
Medzi najúspešnejšími prijímateľmi sú napríklad Univerzita Komenského v Bratislave (77 mil. eur), Slovenská technická univerzita v Bratislave (57,6 mil. eur) a Univerzita Pavla Jozefa Šafárika v Košiciach (44 mil. eur). Vysoké školy v rámci OPVaV nevystupujú len v úlohe prijímateľa, v mnohých projektoch sú partnermi súkromných subjektov.
Príležitosť získať finančné prostriedky z eurofondov mali univerzity a vysoké školy na Slovensku aj v operačnom programe Vzdelávanie. Tu sa mohli uchádzať o nenávratné finančné príspevky  v 11 výzvach. Zamerané boli na tvorbu a inováciu študijných programov, zavádzanie nových metód výučby, ale aj na podporu rozvoja ľudských zdrojov vo výskume a vývoji. Počas siedmich rokov bolo zazmluvnených 118 projektov na úrovni 98,5 mil. eur. Úspešnými prijímateľmi sú napr. Žilinská univerzita v Žiline (13,5 mil. eur) či Univerzita Komenského v Bratislave (2,1 mil. eur).
Výzvy, ktoré boli v rámci oboch operačných programov určené univerzitám a vysokým školám, výrazne prispeli k zlepšeniu študijných podmienok, ale aj k skvalitneniu výučby, modernizácii vybavenia a zatraktívneniu univerzitných areálov.